全国政协委员、农工党中央委员、农工党四川省委会副主委、成都中医药大学教授张庆文反映：国家科技重大专项是为了实现国家目标，通过核心技术突破和资源集成，在一定时限内完成的重大战略产品、关键共性技术和重大工程，是我国科技发展的重中之重。根据确定重大专项的五项基本原则，国家围绕发展高新技术产业、促进传统产业升级、解决国民经济发展瓶颈问题、提高人民健康水平和保障国家安全等方面，确定了一批重大专项，由科技部部署逐项启动，由国家财政专项资助。
按照《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006－2020年）》的界定：重大专项具有以科技发展的局部跃升带动生产力的跨越发展，并填补国家战略空白的重大意义，因此重大专项事实上是跨部门、跨学科、跨省区，科研涉及面广、人员参与面众、时间要求性强，在某一领域具有全局性、综合性的国家重大科研任务。项目牵头单位严格按照国家招标指南公布的任务和经费，对标书编制从技术研究的每个环节到经费使用的各个途径都多次集中各方专家的意见、建议，反复论证，组织实施。但实施中存在明显阻碍重大专项按计划进行的问题，突出表现在经费的审定和拨付。如：不按任务内容而大幅削减经费（甚至削减近50%的经费！）；不按任务进度要求而迟迟不下达经费，甚至出现都到中期检查了，而一期经费尚未下拨的情况。
把经济发展转移到依靠科技进步上来，是国家从战略发展高度提出并推进转变发展方式的一个关键。基于重大专项的战略性、全局性，部分专项（如中医药的重大专项）尚具备的独创性和领先性，以及实施各重大专项任务的严肃性、缜密性，特对国家科技重大专项的经费审定和拨付提出以下建议：
一、国家发展改革部门、财政部门等综合管理部门应紧密配合国家科技管理部门，对进入国家重大科技专项启动的项目，保证任务与经费的统一，进度与拨款的统一，使国家重大专项的战略目标能按计划实施。
二、对重大专项经费的审定应听取包括项目学术/技术专家、首席负责人等在内的实际组织实施者的意见，在确定重大专项保质保量的前提下，确保重大专项经费资助的公开性、合理性和公正性。
三、建立国家财政重大科技专项经费的预算绩效评价体系，以对重大专项实施过程中经费的科学管理、合理配置为主线，建立健全相应的评估和监督管理机制，确保国家重大科技专项不因经费瓶颈而缩水。
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