城市黑臭水体是直接影响群众生产生活的突出水环境问题，近年来，我国在地级以上城市黑臭水体治理方面取得了很大成就，已基本建成系统治理、多元共治、标本兼治、群众满意的城市黑臭水体治理体系。但我国县城区黑臭水体治理起步晚，政策和方案不完善，尚缺少成熟的治理方法和手段，还存在众多问题。
一、存在的问题
（一）污染源头未根治。当下我国县城建成区部分水体仍存在污染源，这些污染源主要来自三个方面。一方面来自于污水管网，部分城区存在管道漏损、雨污混接等问题，导致部分污水直接排入或者通过溢流井排入地表水体，污染了下游河流甚至浅层地下水；第二，部分河道因水生动植物残骸、弃河垃圾等造成底泥淤积，且某些底泥因产生CH4和H2S等上翻严重造成二次或多次污染；第三，部分县城内硬质化河岸易受地表散排径流污染。
（二）水体自净能力差。水体生物多样性和充足的溶解氧是保障水体自净能力的基础。当水体因耗氧性物质浓度过高等原因造成溶解氧偏低时，厌氧微生物增殖而好氧微生物减少，导致水体自净能力下降。另外，当水体生态系统因为生境单一或者水生物种类偏少时，会导致水生态系统退化、水体自净能力进一步变差。
（三）水系连接不通畅。我国一些黑臭水体治理工程，为了提升某个重要河段的水质而牺牲了整体河道的连通性，导致河道变成多段的死水河库。水动力条件差造成河道内富氧能力降低，溶解氧浓度下降。且净水环境适宜藻类生长，在温暖季节容易引发富营养化。
（四）管护意识偏薄弱。河道保洁制度不完善，管理监督机制未健全。黑臭水体问题涉及住建、环保、水利、规划等多个部门，相互之间责权交叉，管控工作协调难度大。另外，在黑臭水体治理中普遍缺少公众参与，无法发挥公众对黑臭水体治理的长期监管作用，造成治理效果难以持续。
二、对策建议
（一）外源截留、内源清理。采取污染源工程治理等截污措施，大幅度削减入河污染负荷。完善现有排水管网，优化排水体制，从源头上控制污水向县城水体排放，减少外源污染。及时清理河道内部漂浮物和周边堆放垃圾，同时在河道内部进行清淤疏浚，避免其它治理措施实施后，底泥污染物向水体释放造成二次污染。在部分河段建设生态护坡，例如蜂巢格室、生态土工袋等，自嵌式生态挡墙等、防止地表散排径流的污染。
（二）生态修复、强化自净。通过生态修复和生物净化措施，消除水体中溶解性污染物。采用跌水、喷泉、射流，以及其他各类曝气形式有效提升水体的溶解氧水平，同时在有条件的区域采取植草沟、生态护岸、透水砖等形式，对原有硬化河岸（湖岸）进行改造，恢复岸线和水体的自然净化功能。在河道宽度较大区域和河道两边通过种植本土水生植物（香蒲、美人蕉、千屈菜、芦苇等）来构建生态植物群落、丰富生物多样性、增加生态系统结构，修复水生态环境。
（三）河道疏通、活水补源。通过设置提升泵站、水系合理连通、利用风力或太阳能等方式，实现水体流动；非雨季时可利用水体周边的雨水泵站或雨水管道作为回水系统；在水体周边区域设置适宜的处理设施，从污染最严重的区段抽取河水，经处理设施净化后排放至另一端，实现水体的净化和循环流动；充分发挥海绵城市建设的作用，强化城市降雨径流的滞蓄和净化；再生水补水应采取适宜的深度净化措施，以满足补水水质要求。
（四）强化宣传、重视运维。通过主流媒体，积极宣传河长制及黑臭水体整治和水质提升成效。加强信息公开，全过程公开黑臭水体整治相关信息，确保公众的知情权、参与权、表达权、监督权得到真正落实。充分发挥新闻媒体的舆论引导和监督作用，采用新媒体产品等群众喜闻乐见的形式，弘扬水环境保护观念，宣传水环境保护知识。